拙政园最初为唐代诗人陆龟蒙的住宅，元朝时为大弘（宏）寺。明正德四年（1509），明代弘治进士、明嘉靖年间御史王献臣仕途失意归隐苏州后将其买下，聘著名画家、吴门画派的代表人物文征明参与设计蓝图，历时16年建成，取名“拙政”是因晋朝《闲居赋》的一段话：“筑室种树，逍遥自得……灌园鬻蔬，以供朝夕之膳……此亦拙者之为政也”。有朴实之人在自家花园为政的巧意。

拙政园建成不久，王献臣去世，他的儿子在一夜豪赌中，把整个园子输给徐氏。此后拙政园屡换园主，曾一分为三，园名各异，或为私园，或为官府，或散为民居。

经历—百二十余年后，崇祯四年（1631年），已破落近三十年并荡为丘墟的东部园林归侍郎王心一所有，王善画山水，悉心经营，布置丘壑，将其重新修复，并将“拙政”改名为“归园田居”，取意陶渊明的诗。

康熙十八年，为苏松常道署。乾隆三年（1738年），蒋棨接手此园，并将园中规模略做更改，东边的庭院切分为中、西两部分。

咸丰十年（1860年）太平天国运动时期，忠王李秀成曾以此园当做苏州的重要基地，改之为忠王府。

光绪三年（公元1877年），富贾张履谦接手此园，改名为“补园”。当时拙政园的腹地缩小到1.2顷，张履谦大举装修了相当多细致部份，因此奠定了拙政园今日之基础。

同治年间的江苏巡抚李鸿章、张之万，辛亥革命伊始时的江苏都督程德全，抗战时期的伪江苏省省长陈则民都看中了拙政园。时疫医院、戒烟所、区公所都曾是拙政园的别名。

至抗战爆发前夕，一代名园衰落至“狐鼠穿屋，藓苔蔽路”的境地。民国二十六年(1937年)冬，日本侵略军飞机几度轰炸苏州，远香堂受震破损，南轩被焚毁，园内亭阁倾圮，枯苇败荷，荒秽不堪。1945年（民国二十八年），日伪政府垮台。补园仍归张氏，奉直会馆仍归奉直同乡会。

1946年（民国三十五年），国立社会教育学院自四川壁山迁苏州，借奉直会馆为校舍，又以原归田园居废址为教职员工宿舍，并购得原归田园居以外一处菜地（今拙政园东部天泉亭一带），改为操场。1948年（民国三十七年），社会教育学院以校舍不足，向张氏后人租借补园。

1949年（民国三十八年），中共解放军克苏州。社教学院迁无锡。原校舍即拙政园改为苏南苏州行政区专员公署。张氏后人向新朝献补园。

1951年11月，拙政园划归苏南区文物管理委员会管理，文管部门立即修缮，延请专家名匠，规划整治，按原样修复，1952年11月6日，整修后的拙政园中部和西部正式开放，成为普通百姓休闲游玩的去处。