厦门的王爷信仰源于台湾,与福州瘟神系统的王爷并不相同。台湾的王爷信仰始于明郑时代。最早的记载是康熙二十五年郑开极所纂《福建通志》卷十一《祀典？台湾府词庙》"二王庙"条:"在府台东安坊,乃代天巡狩之神,威灵显赫,土入祀之。"究竟代天巡狩之神为谁,文中闪烁其词．并无明确答案。而闽、粤两省的通志也全无记载代天巡狩神王爷。

　　仔细比较台湾历史关于饲庙的调查,就会发现,当时台湾民间设庙把神最多的是福德正神,即土地公,而第二位就是这位不明来历的王爷（代天巡狩神）。
　　这个问题引起了许多学者的兴趣,他们提出各种不同的看法。近年来,经过深入的研究,越来越多的人赞成台湾著名史学家连雅堂的看法,认为代天巡狩神王爷信仰,系台湾民间在清廷高压统治下,仿花蕊夫人把孟昶的办法,将郑成功改姓换名,诡称为王爷,加以祠祀。王爷便是郑成功及其子郑经、其孙郑克？u等。
连雅堂在他的《台湾通史》中是这样说的:

　　"王爷之事,语颇凿空,或曰:是澎湖将军澳之神也。旧志谓神之姓名,事迹无考。岂隋开皇中虎贫陈棱略地至此,因祀之欤？又曰:府志载邑治东安坊有开山王庙,今圯。按开山王庙所祀之神,为明招讨大将军延平郡王,即我开台之烈祖也。乾隆间,邑人何灿鸠资重建。同治十三年冬十月,钦差大臣沈葆桢与总督李鹤年、巡抚王凯泰、将军文煜合奏,改建专祠,春秋致祭,语在建国纪。是开山王庙固祀延平也。……唯台湾所祀之王爷,自都邑以至郊鄙,山陬海竺,庙宇巍峨,水旱必告,岁时必祷,尊为一方之神。田夫牧竖,靡敢渎谩。而其庙或曰‘王公’,或曰‘大人’,或曰‘千岁’,神像俱雄而毅。其出游也,则曰‘代天巡狩’。而诘其姓名,莫有知者。呜吁！是果何神,而今台人之崇祀至于此极耶？顾吾闻之故老,延平郡王入台后,辟土田,兴教养,存明朔,抗满人,精忠大义,震？？古今。及亡,民间建庙从祀,而时已归清,语多避忌,故闪烁其辞,而以‘王爷’称。比如花蕊夫人之把其故君,而假为梓潼之神也。亡国之痛,可以见矣！其言代天巡狩者,以明室既灭,而王开府东都,礼乐征伐,代行天子之事。故王爷之庙,皆曰‘代天府’,而尊之为‘大人’,为‘千岁’,未敢昌言也。"

　　不过,连雅堂的论断还只是"闻之故老",还没有确凿的证据。
　　恰好,学者们在台南永康乡的一座供奉"王爷"的二王庙发现二副对联。一副是该庙正门对联:"郑神秉孤忠,浩气磅砖留万古;府民留正义、莫教胜议论英雄。"另一副是神龛对联;"二座奉明臣,神恩浩荡覃台岛;王衷怀汉族,庙貌堂皇镇永康。"

　　从这两副联的内容看,所祀二王,可以确定为郑成功父子。
　　学者们还进一步指出,二王一词,在台湾史上指武、文二王,即郑成功父子二人。其词起源于郑经逝世后,郑克？u拜表请谥成功为武王,郑经为文王。

　　至于"代天巡狩",在明时,乃官员代表皇帝执行职权的意思。而郑成功早在隆武帝时,即受封为招讨大将军,赐尚方宝剑,许便宜行事,其身份已足够称为代天巡狩。到了永历市,行在远在桂西,因此特许郑成功便宜委用,武职许封至一品,文衔许设六部主事。郑成功乃于永历九年在厦门,承制设六官。直至其病逝,他实际上一直代行天子职权。他死后郑经接掌,也同样是代行明夭子职权的。因此称他们为代天巡狩,实在相当妥帖准确。

　　王爷崇拜最独特的习俗为送王船。也正日这习俗,有人把它与福州之送瘟神习俗视为等同,而把王爷当作瘟神。

　　实际上,两者之间至少有如下几点不同:第一,福州之瘟神称五帝,台湾之王爷,或称将军、王公、大人、老爷,不称为帝。第二,福州所奉五帝为五位神,其面貌狰狞可怖;台湾所奉王爷仅三座,神貌英武沉毅,脸色则分别为黝、赫、白三色,并不可畏。第三,福州人把瘟神,是在瘟疫流行之时;而台湾的王醮则固定三年一举,并不以瘟疫流传为前提。并且也没有病人求治,病愈迎神回馈的现象。第四,福州人对瘟神五帝敬而远之,"过其前者,屏息不敢谛视";而台湾居民视王爷恰如父母官,有不平则争投告牒。第五,福州送瘟仪式,仅由少数人于夜晚悄悄将纸糊船送之水际;而台湾送王船仪式,要敛金造船,风篷、桅、舵具备。王醒末日全乡社出动,"盛设宴席演戏,名曰请王,进酒上菜,择一人晓事者跪而致之"。（康熙五十九年,陈文达等修《台湾县志》）最后,送王船时,万人空巷热闹无比,要将船送至大海,然后驾小船回来。

　　可见两者是有很大差别的。台湾的送王船,其实是起于送郑氏一家的灵枢船回大陆。
　　清廷知道郑氏在台湾的影响十分巨大深刻,因此在康熙三十九年（公元1700年）,下令将郑成功父子坟墓迁回原籍福建南安。

　　台湾百姓无力阻挠清廷迁坟之举,唯一能做的只有备办隆重的牲礼祭把郑氏,并送郑氏灵枢船入海。此后,为缅怀郑成功父子,乃造王船,设王爷像祭祀后送之入海,形成送王船的习俗。但又惧清廷高压,只好称送瘟。

　　送王船习俗在台湾志书上的首次记载,是在迁郑氏灵枢十八年后的康熙五十六年（公元1717年）所修的《诸罗县志》。在此之前,有关台湾的史籍都没有提到过。
　　而闽南志书最早记载送王船习俗的,则为乾隆二十八年（公元1763年）所修的《泉州府志》,其次为道光十九年的《厦门志》。

　　这些时间顺序,从某一个角度证明了送王船习俗源于台湾百姓送郑氏灵柩回大陆,而并非福州的送瘟王。
厦门和台湾在历史上往来极为密切,王爷信仰很早便传入厦门。据道光十九年的《厦门志》记载,当时厦门有灵应殿、西应殿、宝丹殿、威灵殿,"把所谓他王爷者,语无可据,不载"。真是妙不可言！"池王爷",在厦门话里与"郑王爷"极为相近,因此恐怕不是"语无可据",而是语有所惧,不可载。

　　厦门比较有名的王爷庙有厦禾路大同小学边上的大王庙,开元路附近的二王庙,打铁街的大厅爷宫等。上述《厦门志》所说的灵应殿等四个宫庙,是否大王、二王的前身,因其"不载",已无从考证。

　　令人最遗憾的是,王爷信仰本为闽台民众对一代伟人郑成功的崇敬和追思,但却因清廷的淫威,改姓隐名,使后世大多数民众不知究竟。尤其是传回大陆后,与原有的瘟神信仰传说混杂,使王爷神之数目和姓氏愈来愈多,而送王船习俗则演化为靡费金钱的恶俗,与原来纪念郑成功的本意相去何止千里。